Зоологическая коллекция музея представлена экспонатами, которые характеризуют фауну не только Алтайского края, но и Горного Алтая.
Здесь и широко распространенные на Алтае - лось, марал, бурый медведь, и редкие, занесенные в Красную книгу: Алтайский улар, утка савка, дикий кот манул – самая мелкая из диких кошек, беркут, кабарга, филин, гриф – белоголовый сип, выдра. Обитатели горно-таёжной зоны Алтая – рысь, соболь, росомаха, кабан и др.