Основные направления деятельности отдела фондов – формирование, сохранение, учет, изучение, систематизация и научная инвентаризация музейных предметов и музейных коллекций, а также каталогизация и популяризация музейного собрания. Сотрудники отдела проводят научное консультирование по всем вопросам, связанным с музейными коллекциями, активно участвуют в научно-просветительской, экспозиционной, методической деятельности музея.
Бийский краеведческий музей имени В.В.Бианки обладает разнообразным собранием памятников истории и культуры.
В основе музейного фонда лежат уникальные коллекции памятников культуры, естественной истории, личные фонды людей, жизнь и деятельность которых связана с историей Бийска: фонд исследователя Алтая М.Ф.Розена; фонд одного из основателей музея, известного детского писателя В.В.Бианки; сибирского поэта И.А.Мухачева; врача, героя труда Г.А.Прибыткова и др. известных людей.
Документальный фонд отражает все периоды развития города по всем отраслям экономики и культуры, датируемые XIX-XX вв.
Археологическая коллекция, насчитывающая более 65 тыс. единиц, отражает все периоды древней истории Алтая, начиная с эпохи палеолита. Она состоит из материалов раскопок поселений и могильников. Наиболее яркие экспонаты относятся к скифскому времени: бронзовые котлы, украшения конской сбруи, саркофаг.
Коллекция оружия представлена образцами разных эпох, начиная с XIII и заканчивая XX веками. Украшением коллекции, безусловно, является кремневое ружье образца 1808г. Изготовлено в 1824г. на Ижевском оружейном заводе. Поверх ствола гравировка: « Высокомонаршею рукою Император Александр I соизволил ковать сей ружейный ствол…»
Документальный фонд, включающий в себя, кроме документов, редкую книгу, газеты, журналы, карты, открытки, позволяет проследить историю города, начиная с конца XIX в. Золотым ядром коллекции книг являются старопечатные и рукописные книги со знаменной нотацией, датируемые концом XVII - началом XX вв.
Основу этнографической коллекции составляют образцы материальной культуры старожилов (старообрядцев) Алтая, переселенцев из Центральной России конца XIX - начала XX в., а также коренных народов Алтая: телеутов, теленгитов, шорцев, кумандинцев.
Особую ценность представляет минералогическая коллекция, которая демонстрирует все богатства недр Алтая: азурит, вольфрамит, яшмы, друзы горного хрусталя, аметисты и многое другое.
Большим разнообразием отличается коллекция декоративно-прикладного искусства, включающая в себя китайский фарфор, буддийскую пластику, изделия каслинского литья.
Эти коллекции формировались на протяжении всего периода развития музея, они лежат в основе научно-исследовательской деятельности музея.
Музейное собрание является источниковой базой изучения истории и культуры края, города.
Отдел фондов – один из основных отделов музея, обеспечивающий сохранение, наращивание и использование основного ресурса жизнедеятельности и развития музея – его собрание памятников истории и культуры.