Очень символично расположение отдела музея в здании купца-чуйца Варвинского, которое расположено у истоков легендарного Чуйского тракта. Чуйский тракт – это не просто широкая лента асфальта, уходящая вдаль. Тракт – это окружающая его природа: от маленькой букашки до крупного лося; от тоненькой травинки до могучего кедра; от ручейка до бурной реки, берущей своё начало от льдов снежных гор.
В отделе Чуйский тракт представлен от вьючной тропы до современной автомагистрали М-52, от купцов-чуйцев до известных людей, жизнь и творчество которых тесно связано с трактом (Обручев и Потанин, Рерих и Сапожников, Шукшин и Евдокимов, Шишков).
Уникальная карта, составленная ученым и художником В.Заборским, показывает объекты природы, подлежащие охране.
Древнейшая история развития Алтая представлена палеонтологической коллекцией.
Из полезных ископаемых Алтая представлены образцы различных руд, минерального сырья, цветных глин и облицовочного камня.
Беседы о Телецком озере и Чуйском тракте существенно пополнят знания туристов.
В коллекции экспонатов Чуйского тракта наибольший интерес вызывают: подробный макет Чуйского тракта, макеты машин, костюм шофёра, геодезические инструменты, в том числе принадлежавшие В.Я. Шишкову — известному писателю, который в начале 20 века занимался изыскательскими и проектными работами на Чуйском тракте.